本发明属于疏水性结构色涂层领域，涉及光子晶体结构色的技术，尤其涉及一种疏水性光子晶体涂层的制备方法。本发明选用单分散性优异的阴离子型纳米颗粒作为单元材料组装成光子晶体膜，再选择阳离子型疏水剂在光子晶体膜上进行涂覆，这样阳离子型疏水剂可通过其阳离子基团与阴离子型纳米颗粒直接吸附，使涂层形成紧密的结合，并有良好的成膜性，同时疏水剂中的疏水基团定向向涂层外排列，提高了涂层的疏水性能。本发明的制备方法简单、成本低廉，绿色环保，得到的疏水性光子晶体涂层，可应用于装饰装修、防伪、化妆品包装、工艺品和布告牌等领域。