本发明公开基于HMM的wifi和地磁融合的室内定位系统及方法。本发明主要通过移动终端实时wifi信号与预先建立wifi指纹库匹配获得局部位置区域，初始化区域内的位置获得初始概率分布矩阵，利用局部位置区域内标签点的位置关系获得状态转移概率矩阵，再融合地磁信号与预先建立地磁指纹库匹配获得观测概率矩阵，根据前向算法估计用户位置。当用户定位在wifi信号确定的局部位置区域内时，利用当前实时地磁信号更新观测概率矩阵，将其和状态转移矩阵估计用户位置；否则引入wifi信号重新建立局部位置区域，同时按前面所述方法更新初始概率分布、状态转移概率和观测概率矩阵。本发明将多种信息进行有效融合，提高系统的定位精度。