本发明公开了一种ＥｔｈｅｒＣＡＴ主站控制系统的快速时钟同步方法，其中方法包括：通过时钟频率跟随的方法实现快速的时钟同步；设定固定周期定时线程和可变周期定时线程，分别处理非周期性数据和周期性数据；通过改变可变周期定时线程的周期，完成时钟频率跟随的功能。该快速时钟同步方法实现了ＥｔｈｅｒＣＡＴ主站与参考时钟的同步，避免因时钟不同步而导致的丢包问题；采用频率跟随的方法实现了快速的时钟同步，避免了其他时钟同步方法中超调量过大和稳定时间的不确定性对系统性能的影响，能够准确快速的跟踪参考时钟的运行频率；采用改变主站时钟的运行频率的方法实现时钟同步，避免了由于时刻替换导致的时间缺失，保证了系统的稳定运行。