本发明公开了一种基于EtherCAT协议的设备控制器可重构系统及实施方法，该方法包括下述步骤：EtherCAT主站在周期性工作的同时监测硬件拓扑结构的改变，当控制器从站发生故障，或者人为添加或剥离设备时，控制器监测到硬件拓扑的改变，启动整个设备控制器的重构。设备控制器的重构包括硬件重构、主站重构、控制内核重构和服务端重构。主站重构过程并行于原工作周期，可以在不停机的情况下完对新的从站结构的配置工作，然后控制器依次进行内核和服务端重构过程。本发明允许控制器在不影响原正常从站设备的工作，进行在线快速重构，弥补了现有可重构制造系统(RMS)在硬件层面可重构能力的不足，提高了RMS的动态重构性能，降低了其故障反应时间，增强了RMS的柔性制造能力。