本发明公开了一种智能变电站密钥管理方法，其以变电站为核心，采用控制中心‐变电站‐ＩＥＤ三级分层的结构，包括：Ｓ１、变电站和ＩＥＤ协调完成站内通信的会话密钥和ＩＥＤ身份密钥的生成、分配、更新、储存和销毁；Ｓ２、控制中心与变电站协调完成双方通信的会话密钥和变电站身份密钥的生成、分配、更新、储存和销毁；Ｓ３、控制中心、变电站和ＩＥＤ三方协调完成站间通信的会话密钥的生成、分配、更新、储存和销毁。本发明针对变电站信息关联密切程度，采用分层的密钥分配方法，在保证符合电力信息系统密钥安全性的前提下，优化电力通信系统模型，减少控制中心、变电站和智能电子设备在密钥管理中所需的通信和运算负荷。