本发明公开了一种混合型的多变量数字签名系统，包含用于对待签名的消息进行签名处理的签名模块和用于对消息及其签名进行验证处理的验证模块，签名模块包括数据输入输出端、单刀双掷开关、处理器、仿射变换部件、随机生成器、解线性方程组部件和仿射变换求逆部件，验证模块包括数据输入输出端、单刀双掷开关、处理器和公钥验证部件。本发明的系统及方法，在选择适当参数下可以抵御多变量公钥密码目前已知的代数攻击，如分离攻击、秩攻击、直接攻击和穷举攻击等，其安全性高，可达２８４以上的安全水平，且签名速度较快。