本发明公开了一种多变量公钥的签名系统和方法，其中签名系统包括第一处理器、第一线性仿射变换部件、陷门部件和第二线性仿射变换部件，通过第一处理器生成随机数以及接收待签名的消息并且发送至第一线性仿射变换部件，第一线性仿射变换部件对接收到的待签名的消息进行仿射变换，陷门部件根据私钥参数生成多变量多项式方程组，并且将接收到的随机数和仿射变换结果代入至多变量多项式方程组中进行求解，第二线性仿射变换部件对陷门部件得到的解进行仿射变换变换后即得到签名；本发明在保证签名不可伪造的情况下，加快多变量公钥密码签名的速度，同时降低私钥的存储量。