本发明公开了基于彩色印刷生产系统的多色彩色差智能校正方法及系统，所述方法包括以下步骤：利用经验数据库中的数据选出最优系统参数，并进行印刷样品试生产；实时采集印刷样品的像素点数据，将客户需求、产品类型、最优系统参数及设计图像素点数据与印刷样品像素点数据对应储存；利用对经验数据库中的像素点数据进行降维处理和色差分析；利用神经网络模型对设计图进行智能色差校正及印刷色差预测；根据校正后的设计图设计样版进行印刷样品，同时实时采集的样品数据和印刷样品的分权色差，若满足生产条件，则进行正式的印刷生产。本发明不仅有效地减少了由重复制版和人为调整带来的人力、材料及时间成本，也提高了印刷系统的生产质量和效率。