本发明公开了一种应用于伺服电机驱动器的同步控制系统及方法，包括主站，所述主站分别与多个伺服电机驱动器连接，每个伺服电机驱动器包括EtherCAT从站芯片、DSP处理器芯片及FPGA芯片，所述EtherCAT从站芯片通过网线与主站通信，所述DSP处理器芯片与EtherCAT从站芯片通信连接，接收主站对从站发出的控制信号，并回传信息，保证各个从站相对于主站的指令执行延迟是固定；所述FPGA芯片接收DSP处理器芯片的控制信号，向驱动板输出SVPWM控制信号进一步驱动伺服电机。本发明可以对工件加工或者产品流水线的精密实时控制。