本发明公开了删除信道中采用跨层联合编码的有效吞吐量随机优化方法，步骤如下：（１）删除信道中发送端将应用进程交付下来的原始数据块先在应用层进行Ｒａｐｔｏｒ码编码，编码后的数据传输到物理层再进行Ｒ?Ｓ码编码，将经过联合编码后的数据发送到删除信道；（２）经过删除信道的传输，到达接收端的数据先在物理层进行Ｒ?Ｓ码解码，解码完成后将解码后的数据传到应用层进行Ｒａｐｔｏｒ码解码。完成解码后，接收端将解码的情况反馈给发送端，发送端将根据接收端反馈的信息采取下一步的动作；（３）采用离散随机逼近算法选择合适的跨层联合码率优化删除信道通信系统中的有效吞吐量；本发明能稳定且高效率地实现最大化删除信道中的有效吞吐量。