本发明公开了一种基于二次系统状态估计的变电站智能诊断方法，基于二次系统状态估计的变电站智能诊断系统，整合现有变电站各分散专业系统多协议异构数据源，将各专业系统数据信息冗余关联，建立体现变电站二次系统设备连接关系、状态量物理约束、一二次故障关联、时序配合逻辑的变电站二次系统状态估计方法，同时提出建立基于二次系统状态估计的变电站智能诊断系统架构与判断逻辑，对变电站二次系统信息内容形成有效的监测与分析，为电网事故分析与故障诊断提供高效的手段。