本发明属于污水处理技术领域，公开了一种利用微生物燃料电池同时降解苯酚和氨氮的装置及方法。通过构建双室微生物燃料电池系统，向阳极室接种经过驯化的产电混合菌液和反硝化菌，加入乙酸钠作为电子供体，以０．１ｍｏｌ　Ｌ－１ｐＨ　７．０的磷酸缓冲溶液与培养液的混合液为营养物质，同时提供相对严格的厌氧环境；阴极室加入含苯酚和氨氮的污水和经过氨氮与苯酚驯化的硝化细菌与苯酚降解菌为主的混合污泥，并通过曝气装置通入空气，然后闭合电路开关连通外电路，微生物燃料电池运行启动，阴极室的氨氮与苯酚被同时降解。通过本发明的装置及方法用于污水中苯酚及氨氮的去除，具有良好的经济效益和环保效益。