本发明公开了利用三电极储存生物电能的装置及其储存生物电能的方法。装置包括阳极室、电容室、阴极室和离子交换膜，阳极室与电容室、电容室与阴极室分别由离子交换膜隔开，在电容室中加入磷酸缓冲液，在阳极室中加入产电菌和有机物形成微生物燃料电池ＭＦＣ阳极室。在充电阶段，阳极室中附着在阳极上的产电菌产生的电子通过外电路传递到电容室中的电容电极上进行储存；在放电阶段，储存满电的电容电极上的电子通过外电路快速传递到阴极电极上，阴极中的电子受体得到电子，从而实现电池输出的功率密度的提高。