本发明公开了一种光纤基单频蓝光脉冲激光器，包括泵浦源、合束器、宽带光纤光栅、热电制冷器TEC、输入准直器、非线性晶体、温控炉、输出准直器、高增益掺镱光纤、窄带保偏光纤光栅、PZT压电陶瓷、二色镜。本发明基于短线性腔调Q方式和内腔倍频结构，可以实现波长960~980nm、单一纵模（单频）基频激光。通过两个热电制冷器TEC进行分段温度调节，以及PZT压电陶瓷进行伸缩来精确操控光纤光栅对的波长匹配状态，可以调制谐振腔内损耗，继而实现调Q单频脉冲基频激光输出；再者，通过将厘米长度非线性晶体和内腔倍频结构，提高倍频蓝光的谐波转换效率与输出功率，最终实现基于光纤形式的单频蓝光脉冲激光输出。