本实用新型公开了一种双波长高速扫频同步脉冲光源。所述光源包括第一波长高速扫频脉冲光源、第二波长高速扫频脉冲光源、耦合器和波分复用器。第一波长高速扫频脉冲光源和第二波长高速扫频脉冲光源采用了被动锁模技术，通过利用声光型高速可调谐滤波器实现高速扫频；被动脉冲同步元件为双折射的非线性介质，位于第一波长高速扫频脉冲光源内，通过对双波长脉冲施加交叉相位调制完成脉冲同步并形成两路波长不同、重复频率一致的脉冲光输出；波分复用器对两路光信号进行复用，最后得到双波长高速扫频同步脉冲输出。本实用新型可以将扫频速度提升至kHz频率以上，同时双波长的输出特性有利于进一步提升相干拉曼成像、光学相干层析等技术的成像质量。