本发明公开了一种基于正序二次谐波的换流变压器和应涌流识别方法，首先启动换流变压器差动保护启动后，并同时开始进行和应涌流的识别；当检测到换流变压器交流侧存在一相正序二次谐波超过正序电流的8％时，则闭锁三相的差动保护，持续闭锁70ms，并同时抬高直流侧50HZ谐波保护定值为原来的1.8倍，持续20ms，或者直到正序二次谐波量重新回到整定值范围内，保护返回，重新开放差动保护，恢复直流侧50HZ谐波保护定值，当检测到换流变压器交流侧三相正序二次谐波均不超过正序电流的8％时，则同时开放三相的差动保护；差动电流小于差动保护启动整定的大小后，保护返回。本发明可增加差动保护的选择性，更好地降低和应涌流造成多个保护同时动作的可能性。