本发明公开了一种小电阻接地系统馈线自适应零序电流保护方法，所述方法包括定值整定和自适应零序电流保护两部分，当零序电流超过定值整定的值时，启动自适应零序电流保护动作；本发明能够在多回线同时发生同名相接地故障的情况下，利用故障馈线的正序、负序和零序电流，故障前后相电压，零序补偿系数以及零序系统阻抗等参数，将当前的零序电流修正为单回线空载发生单相接地故障时的零序电流，克服了在多回线同时发生同名相接地故障时因馈线零序电流减少造成的保护拒动问题，同时最大限度的减小了负荷电流对零序电流的影响，保证了馈线零序电流保护动作的灵敏性和可靠性。