本发明涉及一种电化学直流电源同频异相并联控制系统及其控制方法，直流电源同频异相并联控制系统包括监控系统和Ｎ个直流电源模块，Ｎ≥２；所述监控系统包括ＤＳＰ控制电路、串行通信电路、人机交互设备、Ｎ个同频异相控制及故障传递电路、输出反馈电路；所述ＤＳＰ控制电路分别与串行通信电路、人机交互设备、Ｎ个同频异相控制及故障传递电路、输出反馈电路连接。本发明的一种电化学直流电源同频异相并联控制系统可根据需要实现电源的恒压、恒流或恒功率功能，具有工艺简单、布线极少、利于检修等优点；其控制方法采用数字化控制，操作简单，控制可靠，动态性能佳，可直接应用于数字化直流电源并联系统中。