本发明公开了一种有源电力滤波器电流跟踪控制方法和系统，本发明通过预测算法得到下一时刻滤波电感的电流预测值以及下一时刻到下下一时刻的电网电压平均值，计算出上一时刻到当前时刻的电网电压平均值；根据上上一时刻的调制信号值、上一时刻到当前时刻的电网电压平均值、当前时刻和上一时刻滤波电感的实际电流值，通过电感参数辨识算法得到当前时刻滤波电感的电感估计值；最后根据下一时刻滤波电感的电流预测值、下一时刻到下下一时刻的电网电压平均值、当前时刻滤波电感的电感估计值和下下一时刻的指令电流值，通过无差拍控制方法得到当前时刻调制信号；本发明在保留无差拍控制的高动态性能的基础上，大大提高了电流跟踪控制的稳定性和精确性。