本发明公开了基于微电网中不同模式下的储能系统控制方法，该方法根据微电网不同的运行模式对储能系统采用不同的控制策略。微电网并网运行时，电网向微电网提供电压支撑，此时储能系统作为ＰＱ源，采用ＰＱ控制策略；微电网离网运行时，储能系统将作为微电网的主要电源，采用Ｖｆ控制策略。为了使系统能够在电网电压不平衡或负荷不平衡时依然保持正常运行，本发明在正负序旋转坐标系下进行系统控制器设计，控制系统为双环控制结构，内环为电流环，外环根据微电网不同的运行模式设计为功率环或电容电压控制环。本发明所提的方法简单实用，该方法使系统能够在电网电压不平衡或负荷不平衡时依然保持正常运行。