本发明公开了一种基于两阶段混合整数规划的电力系统调度方法，主要包括两个阶段：在第一阶段中，通过线性化处理和混合整数编码技术将非凸电力系统经济调度问题转化为混合整数规划问题，然后运用优化软件包求解混合整数规划模型，得到一个满意的可行解；在第二阶段中，根据第一阶段求得的可行解，对机组的出力区间进行压缩处理，重新求解混合整数规划模型，得到最终的电力系统经济调度方案。本发明方法能够考虑发电机组的阀点效应、机组禁运区约束、机组爬坡约束、网络损耗和旋转备用约束，在保证算法效率和解质量的同时，适用于不同类型的非凸电力系统经济调度问题，具有有效提高了电力系统经济调度的效率和经济性等优点。