本发明提供了一种将A?S通用样品台的坐标转换为AFM样品台的坐标的方法，包括以下步骤：(1)先将放置有样品的A?S通用样品台在SEM中观察，找到目标区域；(2)记录该区域的目标坐标；(3)将A?S通用样品台转移到AFM样品台上，得到目标坐标在AFM样品台中的新坐标。本发明提供的将A?S通用样品台的坐标转换为AFM样品台的坐标的方法，解决了A?S通用样品台转移到AFM样品台后目标点坐标的重新定位，实现了SEM与AFM的联用，大大提高AFM的工作效率，极大的丰富科研人员对纳米材料的认知。