本发明提供了挠性电路板制造过程自动监测和智能分析系统及方法。首先，系统包括基本资料模块、参数采集模块、综合数据库模块、智能数据分析模块以及监测显示与数据报表模块参数采集模块包括显微镜自动数据采集装置和铜厚测试装置；其次，通过显微镜自动数据采集装置采集刻蚀工序的线宽、线距和钻孔工序的孔径，采用铜厚测试装置测量铜厚，统计工序缺陷数据；最后，采用多元统计过程控制方法、神经网络和支持向量机为基本分析方法，对所采集的数据进行智能分析，预测工序和生产线异常，对产生的异常源进行识别。本发明实现对挠性电路板制造过程和质量的自动监控，提高工序稳定性和产品良率。