一种无创光不透明微米级活体组织磁共振断层成像方法，通过控制如下三项条件实现：A.采用均匀单一方向的超高磁场强度的主磁场，施加于活体生物组织；B.在主磁场基础上，对X、Y、Z三个方向，分别采用强度为10000mT/m以上强度梯度分布的叠加梯度磁场，对具有自旋角动量的元素进行空间编码，使不同空间位置的元素的自旋频率不同；C.采用与主磁场相垂直的射频电磁场，对成像对象进行射频电磁场激励，并拾取激励撤销后，成像对象发射的能级转换射频信号，对射频信号进行重建解码，得到断层成像。能够实现空间分辨率达到1微米尺度的、具备亚细胞结构分辨能力的无创活体组织断层成像。