本发明公开了一种基于有序聚类的污水处理控制方法，采用有序样本聚类，对污水入水水质和水量的变化情况自适应划分控制时间段，再综合考虑出水水质、曝气能耗和泵送能耗，采用具有全局搜索能力的人工免疫算法确定好氧池溶解氧浓度和缺氧池硝酸氮浓度在每段的最优设定值，实现污水系统分时段实时调节氧气传递系数和内回流量。本发明的方法，在保证出水水质的前提下降低了污水处理运行能耗。