本发明公开了一种无人机变参神经动力学控制器的设计方法及其应用，该方法步骤包括：构建无人机模型；基于无人机模型，采用变参递归神经动力学方法设计无人机的高度控制器、偏航角控制器、横滚角控制器、俯仰角控制器、X控制器和Y控制器；将控制目标和无人机传感器采集到的无人机状态信息输入到各个无人机的控制器，各个无人机的控制器输出控制分量控制无人机飞行。本发明利用了一种非线性激活函数，得到的控制器能使无人机在误差较大的情况下更快地收敛到目标，在接近任务目标的情况下达到更高的精度，使得无人机能快速、准确、实时地控制无人机跟踪时变轨迹。