本发明公开一种高精度快速追踪温度轨迹的控制方法及系统，方法包括：绘制目标温度轨迹，对所述目标温度轨迹进行离散化处理，基于离散化处理后的所述目标温度轨迹进行温度轨迹控制；系统包括：预设温度轨迹模块用于绘制目标温度轨迹；被控对象用于表征实际温度；铂电阻传感器用于检测所述被控对象的实际温度，并将所述实际温度输入到所述控制器；控制器用于绘制实际温度轨迹，对所述目标温度轨迹进行离散化处理，运行PID控制程序，完成温度轨迹的控制。本发明对被控温度不仅能实现传统意义的静态恒温控制，还能对预设的一条温度过程轨迹实现在秒级时间级别内进行密切追踪，以满足在短时间内对温度变化过程有严格要求的应用场合的需求。