本发明公开了一种基于SAPCI可变长分块的文件间增量同步方法，包括以下步骤：S1、备份服务器对备份文件进行文件分块；S2、备份服务器利用MD5对备份文件分块后的各小块分别进行加密和整合，把加密和整合的结果发送至源服务器；S3、在源服务器中同样对发生变动的源文件使用相同的SAPCI算法进行文件分块，并同样利用MD5对源文件分块后的各小块进行加密；S4、在源服务器中通过对比从备份服务器发送过来的MD5数据和自身对源文件进行分块并计算后的MD5数据，从而得到增量数据块和非增量数据块；S5、源服务器整合增量数据和匹配数据，并把增量数据和匹配数据发送至备份服务器；S6、备份服务器对备份文件进行整合。