本发明公开了一种基于双阶遗传计算的基因表达数据的双聚类方法，将矩阵Ｍ中的每一列减去第ｋ列得到矩阵Ｍ（ｋ），ｋ＝１，２，…，ｎ；对Ｍ（ｋ）的每一列进行层次聚类，得到双聚类种子的集合；通过遗传计算获得对应的双聚类。本发明所述的算法，可解决传统基于遗传计算的双聚类算法只能针对双聚类进行选择的缺点，通过同时对行列进行优化，可提高搜索效率，并获得更优的双聚类分析效果。