本发明公开了一种城市建设用地形态紧凑度的测度方法、系统及存储介质，所述方法包括：获取研究区域的用地斑块数据；对用地斑块数据进行矢量化处理，得到用地斑块矢量数据；将用地斑块矢量数据通过栅格化技术进行处理，并筛选出符合标准的用地单元格；对用地单元格进行网络分析，得到用地单元格之间的几何连线；根据用地单元格之间的几何连线和端点信息，计算用地单元格之间的平均距离，以及计算用地斑块总面积；根据用地单元格之间的平均距离和用地斑块总面积，获得研究区域城市建设用地的形态紧凑度指数。本发明解决了非连续性城市建设用地的形态紧凑度的测度问题，同时有利于确立紧凑度指标，对促进资源的高效配置起到重要作用。