本发明公开了一种面向生物基因测序计算任务的多队列回填作业调度方法。针对生物基因测序计算任务的作业负载特性，对现有高性能计算系统作业调度技术的缺点与不足进行了改进，提出一个多对列回填作业调度方法。该方法提供了基于内存资源优化的回填调度，结合内存资源的需求进行作业预约与作业回填，充分利用系统的空闲资源，减少作业等待。在此基础上，提供了多对列负载均衡调度，以多对列的方式进行回填调度并且提供了队列级别的负载均衡，并且提出了动态选择阈值策略与优化迁移策略。多队列回填作业调度能够很好的适用于生物信息高性能计算系统，获得良好的系统性能。