本发明公开了一种基于多云和安全映射的可信云任务调度系统及方法，该系统包括系统管理端、任务提交端、调度服务器和计算服务器；系统管理端部署配置多云系统，设定各个服务器的数据和程序安全级别；任务提交端提交任务请求，并通过有向无环图指定各个子任务之间的关系；调度服务器接收任务请求，为子任务设定私密级别，将子任务的数据和程序分发到满足安全级别的计算服务器上，监控子任务的执行，接收计算服务端返回的数据并进行任务调度和数据分发，将任务的最终执行结果返回到任务提交端；计算服务器在运行完子任务后，将运行结果返回到调度服务器。本发明减少了加密、解密带来的时间消耗，保证了任务数据和程序的安全性。