本发明公开了一种基于三维重建的微小高度识别方法，包括二维图像数据采集、彩色图像分割算法、彩色图像四元数混合滤波算法、彩色图像四元数?矢量混合边缘检测、彩色图像四元数亚像素条纹中心定位算法，利用亚像素边缘条纹中心定位算法取得的条纹中心变化差值，代入高度计算公式，求得特征点的高度值，识别出缺陷类型。