本发明提供了一种城市公交多源数据时间误差消除方法，通过数据处理手段自动校正车辆自动报站系统(AVL)数据以及乘客刷卡(AFC)数据间存在的时间同步误差，该方法提取每一辆车的AVL数据与AFC数据，分别延拓为两路离散时间信号序列，在用户设定的时间误差搜索范围内求取两信号序列的时域互相关序列，提取取互相关极大值时对应的时间推移量，即为时间误差的实际值；本发明同时提供了一种输入数据的无损压缩方案，保证识别精度的前提下极大地提高了处理效率。本方法不需要对现有公交车载数据采集系统进行升级改进，且计算精度可控，有效提升了城市公交客流时空分布特征研究的数据有效性。