本发明提供基于综合评价指标的园区能源互联网运行优化方法，其具体步骤为：建立园区能源互联网的能源设备的模型；建立园区能源互联网运行的综合评价指标，涉及经济性、环保性和高效性的评价指标；建立以综合评价指标最大化为目标的园区能源互联网运行优化模型；利用GAMS软件求解园区能源互联网运行优化模型，得到园区能源互联网运行方案。本发明能够有效兼顾园区能源互联网运行的经济性、环保性和高效性，提供更加全面的、多维度优化的园区能源互联网运行方案。