本发明公开了一种基于深度学习的舌苔自动分割方法，包括如下步骤：S1、采集并输入包含舌苔的图像；S2、对包含舌苔的图像，采用FasterR?CNN深度学习方法实现舌苔检测，自动获得初步的舌苔区域图像；S3、对初步的舌苔区域图像，采用VGG深度学习方法进行校准，获得更准确的舌苔区域图像；S4、根据校准后的舌苔区域图像，自动分割出舌苔图像。本发明基于大数据的深度学习方法来实现更准确的舌苔分割，解决了现有方法对舌苔分割准确率低的问题。