本发明公开了一种字符缺陷自动检测方法和系统，该方法包括两个步骤，离线建立标准字符库时，针对每一种待检丝印产品，选取N张没有缺陷的图像，对图像中的字符进行统计分析和处理，得到标准字符，构建当前待检丝印产品的标准字符库；在线检测字符缺陷时，在线获取丝印产品的图像，提取图像中的字符，根据当前丝印产品的类型，将所有字符逐个与标准字符库中对应字符的特征进行比对，判断丝印产品是否存在缺陷。本发明还提出一种字符配准方法用于提高识别的准确性。本发明考虑到丝印产品图像的各种变化，提出为每一种待检产品建立标准字符库，然后根据标准字符库对在线获取的字符进行判断识别，具有准确率高、适用性广的优点。