本发明公开了一种基于BP神经网络的FICS金手指缺陷检测系统及检测方法，该系统包括图像采集子系统、缺陷检测模块以及数据分析模块。方法包括：1)图像采集子系统控制显微镜对柔性基板进行定位拍照，目标位置为金手指所在区域位置；2)通过“输入图像保护机制”，确保缺陷检测方法的输入图像是金手指图样；3)通过形态学处理提取金手指区域；4)对每一条金手指进行单独分析，分析其中是否存在缺陷存疑区域；5)对确定含有缺陷的图片计算九类特征数值；6)以输出向量中最大项对应的类别作为最终判定的金手指缺陷类别返回。本发明及系统能较好地避免不同光照强度下金手指成像检测的缺陷误报，对金手指多类缺陷的同时检测具有较高的准确率。