本发明公开了一种心血管疾病诊断模型的构建方法、系统及该诊断模型，该方法包括：构建带标签的侧脸数据集；对级联分类器进行训练，获得耳朵检测模型；分别采用VGG、GoogleNet以及ResNet神经网络模型对耳朵对象进行特征提取；采用空间金字塔对神经网络模型所提取到的耳朵特征进行特征整合，获得每种神经网络模型深度异构特征图；对深度异构特征图进行特征预处理；训练获得SVM分类器模型；将SVM分类器模型以及训练好的三种神经网络模型通过Bagging学习方式进行集成，获得心血管疾病诊断模型。本发明构建的心血管疾病诊断模型可以全面、科学地进行心血管疾病诊断与预测，精度较高，可广泛应用于医学数据的自动化处理领域中。