本发明公开了一种多模态医学影像半监督深度学习分割系统，包括：数据收集模块，用于收集不同模态即多通道的图像数据，并对其中一种模态图像中的感兴趣区域进行标注，并将数据分为训练集与测试集；模型构建模块，用于实现分割模型的构建，并对训练集进行训练；测试模块，用于将测试集数据输入模型进行分割，实现分割测试功能。本发明系统能够快速、准确、有效地实现多模图像感兴趣区域的分割。