本发明公开了一种双通道血管内超声影像的血管中内膜分割方法，包括步骤：1)采集血管内超声图像，人工勾画中内膜边界，建立训练和测试样本集；2)对训练样本集图像进行各向异性扩散滤波处理；3)将滤波后的新图像与原始图像叠加，构成双通道图像；4)建立深度学习分割模型，采用邻域梯度最大池化，输入训练集进行训练；5)对测试集图像进行各向异性扩散滤波，将滤波后的图像与原始图像一起组成双通道图像，输入已训练好的深度学习分割模型，进行分割，得到分割后的血管中内膜边界。通过本发明方法能够准确有效地提取血管中内膜区域。