本发明公开了一种基于三维重建的医学影像组织智能分割方法，包括步骤：1)输入DICOM医学图像序列，对图像进行预处理及调窗；2)对图像进行小波变化，将图像数据减少至原图的1/4；3)统计灰度直方图，提取初始种子点和生长阈值；4)对图像进行三维边缘检测，得到边缘轮廓图；5)结合灰度和边缘信息，进行三维空间区域生长；6)计算分割后的区域属性，优化种子点及生长阈值。本发明通过统计直方图，可以自动提取区域生长所需的初始种子点和生长准则所需的阈值，然后结合图像的边缘轮廓信息进行三维区域生长，并通过迭代生长不断优化初始种子点及生长阈值，从而改善分割的结果。同时，本发明通过小波变化，将图像数据减少至原始图像的1/4，从而缩短了运算时间。