本发明公开一种超薄柔性IC基板氧化面积检测系统，包括：金相显微成像采集系统，包括摄像机，通过摄像机采集柔性IC基板各部分的高分辨率数字图像；图像融合系统，用于将拍摄完成后的所有图像拼接成完整的柔性IC基板图像；氧化面积快速检测系统，用于对所拼接的柔性IC基板高分辨率图像进行RGB?HSI彩色空间转换及拓扑映射处理确定氧化面积区域。本发明还公开了一种超薄柔性IC基板氧化面积检测方法。本发明解决了柔性IC基板氧化检测过程的高分辨率显微图像面积快速计算难题，检测速度可靠。