本发明公开了一种基于眼动特征的换脸视频篡改检测方法及系统，该方法包括下述步骤：检测待测视频中的人眼区域，并对眼部特征点进行定位，并预测眼球中心位置；计算待测视频各帧的视线方向向量，并计算视线变化率序列和视线转移方向序列；根据视线变化率序列计算单眼灵活度；根据视线变化率序列计算双眼视线变化率吻合度，根据视线转移方向序列计算双眼视线转移方向吻合度；根据单眼灵活度、视线变化率吻合度、视线转移方向吻合度判断视频是否经过换脸篡改。本发明从生物信号的角度出发，提取视频中人眼眼球运动的固有特征，从单眼灵活度和双眼吻合度描述真实视频与换脸视频之间的眼动特征差异，提升了检测效果，并具有通用性和实时性。