本发明涉及一种ＧａＮ基薄膜晶体管结构及其制备方法。所述薄膜晶体管结构包括基板、绝缘介质膜、电极、晶体管的外延层和钝化介质膜。制备方法中，外延片制备好电极后，键合到绝缘基板上，然后去除原来的衬底，并减薄ＧａＮ缓冲层，最后沉积绝缘钝化膜。晶体管外延层的原有衬底及部分质量较差的半导体薄膜被去除，剩余的半导体薄膜晶体质量较高，具有很高的电阻，晶体管的漏电流可以显著降低。另外薄膜晶体管的源漏电极与导热基板直接连接，使晶体管的散热性能更好。