本发明公开了一种用于处理水体富营养化的悬浮木质素微胶囊的制备方法，(1)称取木质素,使用咪唑类离子液体为溶剂,配置质量分数为10％?20％的离子液体?木质素溶液，在60?90℃进行微波辅助溶解，使其充分溶解；(2)保持离子液体?木质素溶液的温度为40?60℃，加入含有铝离子或含有铁离子的固磷固氮材料，然后在搅拌条件下滴加硫酸水溶液，直至溶液中的硫酸水含量达到70?80％以上停止加水，继续搅拌，得到木质素微胶囊；(3)将木质素微胶囊进行过滤或离心分离,依次进行洗涤、干燥。本发明的木质素微胶囊具有原料廉价易得、使用方便和回收简单的优点，在水体中饱和固定氮和磷后,可通过回收,作为农田肥料使用。