本发明公开了一种处理畜禽养殖厌氧消化液的电子计量平衡偶联控制方法。所述方法采用缺氧?好氧?缺氧?好氧交替进行的分步进水序批式反应器处理厌氧消化液，通过对所述反应器脱氮除磷过程碳源的代谢利用及碱度的产生与利用进行基于化学计量学的电子计量平衡偶联控制，在两个缺氧段分别添加与电子受体量相匹配的畜禽养殖废水原液来解决脱氮除磷过程的碳源需求，有效提升脱氮除磷效率的同时降低废水处理成本，在无需外加有机碳源及碱度的情况下实现系统碳源及碱度的自平衡；通过控制分步进水序批式反应器工艺条件实现短程硝化反硝化，降低曝气能耗的同时节省反硝化所需的碳源消耗，在低碳源消耗、低能耗的情况下实现厌氧消化液的高效处理。