本发明公开了一种基于分子印迹材料的生态浮床及其靶向降解污染水体中新兴污染物的应用。本发明的基于分子印迹材料的生态浮床的组成结构包括浮板、若干底端穿过浮板上的孔洞并固定在孔洞内的镂空定植篮、设置在镂空定植篮内的栽培基质、栽植在栽培基质中的挺水植物和若干一端与镂空定植篮底部连接的生物绳；所述栽培基质的组成包括陶粒、活性污泥和分子印迹材料；所述分子印迹材料由Cu?Mn?Fe三金属有机骨架材料经过热解和表面分子印迹得到。本发明的基于分子印迹材料的生态浮床不仅可以去除污染水体中的常规污染物，而且还可以靶向降解污染水体中的ECs，具有很高的催化性能和水稳定性，在河道治理方面具有很好的应用前景。