本发明属于环境微生物修复领域，公开了一种利用微生物联合制剂同步溶藻／降解藻毒素的方法。该方法利用铜绿假单胞菌的发酵液对处于对数生长期的铜绿微囊藻进行溶藻，再利用血红密孔菌孢子液对溶藻后体系中残余的微囊藻毒素进行降解，达到除藻及其代谢产物降解同步解决的目的。该方法简便、成本低，在发酵时间为４８ｈ，溶藻时间为７ｄ，降解时间为７ｄ时，溶藻效果达到８３．３１％，微囊藻毒素的降解效率达到６７．６３％，达到了除藻及其代谢产物降解问题同步解决的目标。实际应用价值高，为解决湖泊水库水富营养化和饮用水深度治理问题提供参考。