本发明公开了一种采用短短芽孢杆菌降解磷酸三苯酯的方法及其应用，属于环境有机污染物生物处理技术领域。该方法具体步骤包括：在温度为３０℃条件下将短短芽孢杆菌接种于以磷酸三苯酯为唯一碳源的降解培养基中，恒温摇床降解５ｄ后，采用气相色谱质谱联用法（ＧＣ?ＭＳ）测定培养基中残留的磷酸三苯酯浓度，以此分析短短芽孢杆菌对磷酸三苯酯的降解效果。该方法对环境适应性强，成本较低，５ｄ后有机磷阻燃剂降解率可达９５．４％。实际应用价值高，为解决水体有机磷阻燃剂污染治理问题提供参考。